W tym samym czasie wymontowano z okrętu uszkodzoną sprężarkę i przekazano ją do naprawy na ląd. Uznano, że zgłoszone uszkodzenia nie są poważne i nie zagrażają bezpieczeństwu okrętu. Na podstawie tego raportu, Estończycy zadecydowali o internowaniu polskiego okrętu. „Orzeł” został zacumowany rufą w kierunku wyjścia z portu. Estończycy niezwłocznie przystąpili do rozbrajania załogi z broni osobistej, usunęli zamki z dział, zabrali pomoce nawigacyjne, mapy i dziennik nawigacyjny, rozpoczęli wyładowywanie amunicji i torped.

16 września, podczas przygotowania do wyładunku torped okazało się, że dźwig portowy ma za krótkie ramię by wydobyć torpedy z rufowych wyrzutni. Aby to umożliwić, w następnym dniu okręt miał zostać obrócony dziobem w kierunku wyjścia. To zwiększało szansę na powodzenie ewentualnej ucieczki. Gdy przygotowania dobiegły końca, kpt. Jan Grudziński zdecydował, że ucieczka nastąpi nocą z 17 na 18 września. O godzinie 2.00 por.mar. Piasecki dał sygnał rozpoczęcia akcji. Obezwładniono estońskich strażników, przecięto kabel elektryczny, zasilający okręt z sieci portowej, zwarcia zgasły światła portowe.

Okręt zerwał podpiłowane cumy, a kierując się ku wyjściu został oświetlony światłem reflektorów, ostrzelany z broni maszynowej i wszedł na ostrogę falochronu, jednak załodze udało się go ściągnąć i kontynuować ucieczkę. Po wyjściu z portu, rosnąca głębokość pozwoliła na zanurzenie. Przez cały dzień okręt przeleżał na dnie Zatoki Fińskiej, nocą po wynurzeniu ładował akumulatory.  Rozpoczęła się bałtycka epopeja „Orła”.