Okres niewoli spędził w kilku obozach jenieckich, czego skutkiem była niestety szybko postępująca gruźlica.
Po zakończeniu wojny zgłosił się ponownie do służby i po awansie na stopień majora/komandora podporucznika, w sierpniu 1945 obejmuje funkcję szefa sztabu Samodzielnego Morskiego Batalionu Zapasowego. W 1946 po sformowaniu Kadry Marynarki Wojennej został jej dowódcą, awansowany równocześnie do stopnia komandora porucznika. Wstąpił do PPR, a po połączeniu z PPS do PZPR. Od 1949 był szefem Biura Dowódcy Marynarki Wojennej w Gdyni jednak stan zdrowia sprawił, że w 1950 komandor Dąbrowski został uznany za inwalidę wojennego i zwolniony ze służby wojskowej. Nie mając wypracowanej emerytury wojskowej i praktycznie źródła utrzymania, przeżył bardzo trudny okres w życiu. Imał się przypadkowych zajęć, usunięty na fali czystek stalinowskich, jako sanacyjny oficer z partii. Dopiero po Październiku 1956 sytuacja bohatera z Westerplatte poprawiła się, wypłacono mu odszkodowanie, podjął aktywną działalność na rzecz utworzenia Związku Obrońców Westerplatte.
Komandor Franciszek Dąbrowski, kawaler Virtuti Militari, zmarł 24 kwietnia 1962 w krakowskim Szpitalu Przeciwgruźliczym – spoczął na cmentarzu Rakowickim w Krakowie.